Đoàn TNCS Hồ Chí Minh Đại học Tôn Đức Thắng (Đoàn TDTU) là cơ sở Đoàn tương đương cấp huyện trực thuộc Thành Đoàn Thành phố Hồ Chí Minh; được thành lập vào năm 1998; đến nay Đoàn TDTU là một trong những cơ sở Đoàn mạnh trên địa bàn Thành phố Hồ Chí Minh.
Tiền thân của Đoàn TDTU là Đoàn Trường đại học công nghệ dân lập Tôn Đức Thắng do Thành Đoàn Thành phố Hồ Chí Minh ra quyết định công nhận vào năm 1998. 
Với sự phát triển nhanh chóng về mọi mặt của Nhà trường, Thủ tướng Chính phủ ra Quyết định số 18/2003/TTg-QĐ năm 2003 về việc chuyển đổi pháp nhân và đổi tên Trường thành Trường đại học bán công Tôn Đức Thắng. Bên cạnh sự thay đổi pháp nhân của Nhà trường, tổ chức Đoàn cũng đã được Thành Đoàn Thành phố Hồ Chí Minh ra quyết định đổi tên thành Đoàn Trường đại học bán công Tôn Đức Thắng vào cùng năm (2003).
Với sự phát triển vững mạnh của tổ chức Đoàn trường và nhằm đáp ứng những yêu cầu, nhiệm vụ và thực tiễn trong công tác Đoàn, ngày 02/01/2008, Ban Thường vụ Thành Đoàn Thành phố Hồ Chí Minh ban hành quyết định số 001-QĐ/TCCS công nhận Đoàn Trường đại học bán công Tôn Đức Thắng tương đương cấp Huyện (gồm 12 liên chi Đoàn, 176 Chi Đoàn và 8.056 Đoàn viên), trực thuộc Thành Đoàn Thành phố Hồ Chí Minh.
Năm 2008, bên cạnh việc đổi tên Trường đại học bán công Tôn Đức Thắng thành Trường đại học Tôn Đức Thắng và chuyển về thuộc Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam, Thành Đoàn Thành phố Hồ Chí Minh đã ban hành quyết định số 52-QĐ/TCCS ngày 28/7/2008 về việc đổi tên Đoàn Trường Đại học bán công Tôn Đức Thắng thành Đoàn Trường Đại học Tôn Đức Thắng.
Hiện nay, Đoàn TDTU có 16 Đoàn khoa, 01 Đoàn Trường TCCN, 02 cơ sở Đoàn và 4 chi đoàn cơ sở trực thuộc với quy mô 14.780 đoàn viên. Trong khu vực trường học, Đoàn TDTU được Thành Đoàn Thành phố Hồ Chí Minh sắp xếp trong cụm thi đua các Đoàn trường tương đương cấp Huyện có từ 13.000 đoàn viên trở lên (có 09 đơn vị).