Bí thư Đoàn cơ sở là người đứng đầu, là thủ lĩnh của một tập thể trẻ, do Đại hội Đoàn cơ sở bầu trực tiếp tại đại hội hoặc do Ban Chấp hành Đoàn cơ sở bầu ra. Vì vậy Bí thư Đoàn cơ sở có vai trò rất quan trọng có thể nói là một tổng chỉ huy, là người điều hành công việc của Ban Chấp hành để thực hiện nghị quyết của đại hội, tiến hành triển khai tổ chức các hoạt động công tác Đoàn và phong trào thanh thiếu nhi của đơn vị.
Bí thư Đoàn cơ sở có vai trò quyết định hiệu quả hoạt động của Ban Chấp hành, Ban Thường vụ, là người quán xuyến toàn bộ công việc đối nội và hoạt động phối hợp, liên kết với các phòng, ban chuyên môn, các tổ chức đoàn thể khác trong công tác thanh thiếu nhi. 
Bí thư Đoàn cơ sở còn là người thay mặt Đoàn TNCS Hồ Chí Minh để truyền cảm, thuyết phục, giáo dục đoàn viên thanh niên hành động theo chương trình do Đoàn khởi xướng. 
* Bí thư Đoàn cơ sở là một “nhạc trưởng”: 
Hoạt động của Ban chấp hành, Ban thường vụ Đoàn cơ sở có nhịp nhàng, khoa học và thiết thực hay không phụ thuộc phần lớn vào sự điều hành, phân công của Bí thư Đoàn cơ sở đối với các ủy viên Ban chấp hành, Ban thường vụ trong việc thực hiện kế hoạch công tác. 
Căn cứ vào năng lực sở trường, năng khiếu và điều kiện hoàn cảnh của từng ủy viên Ban chấp hành, Ban thường vụ, trên cơ sở tính chất, yêu cầu của công việc mà Bí thư Đoàn cơ sở phân công công việc, trách nhiệm của từng ủy viên một cách hợp lý. Một mặt, giúp từng cá nhân phát huy được thế mạnh của mình để hoàn thành nhiệm vụ có hiệu quả cao nhất. Mặt khác, kế hoạch công tác Đoàn và phong trào thanh thiếu nhi được thực hiện đồng bộ, toàn diện, có chất lượng. Như vậy có thể khẳng định trong công tác điều hành, Bí thư Đoàn cơ sở có vai trò như một nhạc trưởng. 
*Đến vai trò quyết định trong việc xử lý các tình huống: 
Hoạt động của Đoàn cơ sở rất phong phú, đa dạng, vì vậy các tình huống đặt ra trong công việc cũng như trong giao tiếp hàng ngày luôn bắt buộc Bí thư Đoàn cơ sở phải có cách xử lý linh hoạt, sáng tạo. Xử lý các tình huống của Bí thư Đoàn cơ sở phụ thuộc rất nhiều vào trình độ, năng lực, năng khiếu, kinh nghiệm, vào phẩm chất đạo đức, lòng say mê và hoàn cảnh sống của chính bản thân. Đòi hỏi Bí thư Đoàn cơ sở phải có kỹ năng thiết kế, khả năng triển khai thực hiện kế hoạch, đồng thời phải có óc tổ chức và nghệ thuật giao tiếp, ứng xử; biết phát hiện vấn đề, tổng kết thực tiễn, xử lý mau lẹ các tình huống xảy ra trong quá trình chỉ đạo. 
Bí thư Đoàn cơ sở thường phải quan hệ công việc với các phòng chuyên môn, các đoàn thể trong công tác thanh niên ở đơn vị, do vậy phương pháp liên kết, phối hợp trong công tác, khả năng giao tiếp ứng xử và khả năng tham mưu là một trong những đòi hỏi hết sức quan trọng. 
Khi tiến hành công việc, mọi phát sinh có thể xảy ra, mọi tình huống trong công việc đặt ra cần phải xử lý thì Bí thư Đoàn cơ sở là người có vai trò quyết định. Vì là người đứng đầu nên Bí thư Đoàn cơ sở phải chịu trách nhiệm trước tập thể toàn bộ công tác Đoàn và phong trào thanh thiếu nhi. Việc xử lý các tình huống, tùy vào tính chất, mức độ, khả năng để thực hiện. Cũng có thể Bí thư Đoàn cơ sở tự quyết định, cũng có thể bàn bạc, tham khảo ý kiến của Ban chấp hành, Ban thường vụ để cuối cùng chọn phương án quyết định. Vấn đề quan trọng ở chỗ, Bí thư Đoàn cơ sở phải biết phát hiện vấn đề; tìm hiểu, làm rõ nguyên nhân của từng vấn đề; đưa ra được các tình huống; phương án giải quyết; cuối cùng biết lựa chọn phương án tối ưu để đưa ra quyết định đúng đắn nhất. 
Có thể khẳng định để triển khai hiệu quả các mặt công tác Đoàn và phong trào thanh thiếu nhi, vai trò của Bí thư Đoàn cơ sở tại các đơn vị có vị trí rất quan trọng, Bí thư Đoàn cơ cở thực sự phải là một “Tổng chỉ huy” trên các mặt công tác của Đoàn.